Sono incompatibili con la carica di Presidente della Regione e di Consigliere regionale le seguenti funzioni o cariche:
a) membro di una delle due Camere del Parlamento;
b) Presidente del Consiglio dei Ministri, Ministro, Vice Ministro o Sottosegretario di Stato;
c) membro del Parlamento europeo o della Commissione europea;
d) Presidente di Regione, Consigliere regionale, Assessore regionale e Sottosegretario regionale di altra regione;
e) Presidente della provincia, Consigliere provinciale o Consigliere di Città metropolitana, comprese nel territorio della regione stessa;
f) Sindaco di Comune compreso nel territorio della Regione;
g) Assessore di Comune compreso nel territorio della Regione con popolazione superiore a 15.000 abitanti al momento della elezione;
h) Presidente o Assessore di Comunità montana o di Unione di Comuni con popolazione complessiva superiore a 15.000 abitanti;
i) Presidente o componente dell'organismo direttivo di consorzio o di ente pubblico, compresi nel territorio della regione, disciplinati con legge regionale o destinatari in via diretta o indiretta di finanziamenti continuativi;
j) componente del Consiglio superiore della Magistratura o del Consiglio nazionale dell'economia e del lavoro;
k) Presidente e membro della Giunta delle Camere di Commercio con sede nel territorio lombardo.
Non possono altresì ricoprire la carica di Presidente della Regione o di Consigliere regionale:
a) il titolare, i componenti degli organi di gestione o di amministrazione, l'amministratore delegato, l'amministratore unico, il direttore generale, i legali rappresentanti e i dirigenti di ente, istituto, azienda o società, sottoposti a vigilanza della Regione;
b) i componenti esecutivi degli organi di gestione o di amministrazione, il direttore generale, i legali rappresentanti e i dirigenti di fondazioni, costituite o partecipate dalla Regione oppure destinatarie di contributi regionali, diretti o indiretti, continuativi nell'ultimo biennio;
c) il titolare, i componenti degli organi di gestione o di amministrazione, l'amministratore delegato, l'amministratore unico, il direttore generale, i legali rappresentanti e i dirigenti di ente, istituto, azienda o società che ha in corso rapporti contrattuali, anche indiretti, con la Giunta regionale, il Consiglio regionale o gli enti del sistema regionale per l'erogazione di servizi, l'esazione di diritti o l'esecuzione di appalti;
d) i componenti dei Comitati tecnico consultivi e i soggetti che svolgono incarichi di consulenza previsti dagli articoli 8 e 37, comma 2 bis, della legge regionale 7 luglio 2008, n. 20 (Testo unico delle leggi regionali in materia di organizzazione e personale);
e) colui che, con sentenza passata in giudicato, è stato dichiarato responsabile nei confronti della Giunta regionale, del Consiglio regionale o degli enti del sistema regionale e non ha ancora estinto il debito;
f) colui che, avendo un debito liquido ed esigibile per imposte, tasse e tributi nei confronti della Regione, ha ricevuto invano notificazione di avviso di accertamento oppure di ordinanza-ingiunzione di pagamento ai sensi della normativa vigente;
g) i componenti del Consiglio delle Autonomie locali o del Consiglio per le Pari opportunità;
h) i componenti dell'organismo di amministrazione o di gestione ed i componenti del Consiglio di sorveglianza di istituti bancari;
i) i rettori delle Università con sede nel territorio lombardo.
Nella penultima seduta della decima legislatura, il 16 gennaio il Consiglio regionale ha approvato la legge che stabilisce l’incompatibilità tra la carica di Assessore e quella di Consigliere regionale. L’incompatibilità fra i due ruoli, che vale anche per il Vice Presidente della Giunta, prevede che il Consigliere regionale nominato Assessore sia sospeso dalla carica di Consigliere per la durata dell’incarico di Assessore. Il Consiglio provvede nella prima seduta dopo la nomina alla sua sostituzione temporanea, affidando la supplenza al primo dei non eletti della lista cui appartiene l’eletto divenuto Assessore. Tale incompatibilità non ha valore e non si applica ai Sottosegretari.
Nella prima seduta della nuova legislatura, il Consiglio regionale elegge la Giunta delle elezioni, composta da un Consigliere per ciascun Gruppo consiliare. La Giunta delle elezioni esamina le cause di ineleggibilità e di incompatibilità dei Consiglieri regionali, e ha un tempo massimo di 60 giorni dal suo insediamento e dall’elezione del proprio ufficio di presidenza per completare le verifiche e gli accertamenti di sua competenza.
Entro i 30 giorni successivi al termine dei lavori della Giunta delle elezioni, il Consiglio regionale, su motivate relazioni della Giunta delle elezioni, convalida l'elezione dei Consiglieri per i quali non sussistano cause di ineleggibilità e di incompatibilità e dichiara la decadenza dei Consiglieri ritenuti incompatibili che non abbiano optato per il mandato regionale e che non abbiano compiuto, entro i termini stabiliti dalla legge, tutti gli atti necessari a rimuovere le cause di incompatibilità.